自从铲除孙儒后，除了收编了大量战斗力强悍的蔡州军团外，杨行密顺便也接管了孙儒占据的大量地盘。杨行密升任淮南节度副大使、知节度事、检校太傅、同中书门下平章事、封弘农郡王。
钱镠占据的苏、杭一带是杨行密比较垂涎的，正巧碰到董昌的求援，杨行密自然满口答应。九月，杨行密命部将台濛攻打苏州。十月，杨行密命猛将田頵、安仁义攻打杭州。湖州刺史李师悦受到董昌的撺掇和挑拨，倒向了杨行密一方，率兵四千攻打杭州。而董昌也派遣部将陈郁、钟福屯兵香严寺，李蕙、崔温屯兵石侯，徐淑联手杨行密部将魏约围攻嘉兴。
钱镠原本拿着朝廷的诏书，名正言顺地讨伐谋逆之罪臣，按理说应该得到各方势力的帮助和响应，未曾想却遭遇四路大军东西攻击的尴尬处境。唐朝朝廷的权威已经越来越衰弱了，长安城刚刚被静难军节度使王行瑜、镇**节度使韩建及凤翔节度使李茂贞攻破，皇帝李晔成为几大节度使手中可怜的玩物和傀儡。
钱镠命令顾全武出兵石侯，先把董昌的嚣张气焰彻底灭掉。第一战攻打石侯，顾全武大获全胜，阵斩李蕙、崔温。第二战解嘉兴之围，原本钱镠任命内衙都虞侯方密为主将，但方密显然并不胜任这项工作，战不克失利。于是，顾全武又被钱镠调到嘉兴，负责对付董昌和杨行密在嘉兴的联手进攻。顾全武不负钱镠之重望，连破乌墩、光福两砦，击退徐淑和魏约。
十一月，顾全武和都知兵马使许再思屯兵杭州西陵，负责抵御田頵、安仁义的进攻。从湖州出兵的田頵和安仁义犹豫不前，竟然不敢渡钱塘江。短短三个月的时间，钱镠的战将顾全武三战三捷，彻底扭转了之前被动不利的局面，形势开始偏向钱镠。
第二年正月，董昌任命部将徐珣、李元宾据守肃清、四朴、九乡，部将汤臼驻守石城，部将袁邠驻守永宁，准备同钱镠进行最后的决战。顾全武率部将王球先痛击徐珣和李元宾，大败浙东军，徐珣干脆直接投降了钱镠。
二月，顾全武率另一位部将许再思进攻汤臼的石城，大败汤臼部，破石城，生擒七百余人。石城位于越州北侧的钱塘江畔，离越州只有三十余里，对董昌的生命构成了极大的危险。
关键时刻，杨行密居然从唐朝皇帝李晔那里弄来了一份调解诏书，诏书建议赦免董昌之罪，官复原职。钱镠拒绝了杨行密和朝廷的调停要求，继续向董昌发起攻击。三月，顾全武率兵围攻越州的东面屏障余姚，大败袁邠，进逼余姚，关键时刻，明州刺史黄晟也进行了及时的思虑，选择加入了钱镠的行列，并率兵配合顾全武进攻余姚。
余姚是越州通往明州的必经之道，一旦余姚失守，董昌便会被顾全武四面包围，连个逃生的通道都没有，所以董昌一方面严令袁邠死守余姚，另一方面则竭尽所能援救余姚。顾全武在继续围困余姚的同时，派遣部将刘彦章伏兵于越州至余姚的要道处，一举击溃董昌的援兵，生擒援兵主将徐宣，斩首二千余人。四月，顾全武终于攻破余姚城，并生擒守将袁邠、潘荐等二千余人，最终完成了对越州的四面包围。
当顾全武的大军兵临越州城下时，董昌登上五云门城楼，用金银玉帛利诱顾全武。董昌显然低估了顾全武的智商，顾全武率兵猛攻越州城。董昌随即取消了帝号，然后声泪俱下、真心实意的向钱镠认错道歉，但钱镠不再理睬。
五月，钱镠亲临越州城下，以顾全武任诸军都虞候、东面都知兵马使，与指挥使孟宝等攻五云门，王球任右副指挥使，与蒋燔攻亭山及申光门，孙儒降将陈璋任右副指挥使，与钱颜攻关子门，许再思任马军都虞候、北面都知兵马使，攻昌安门，骆团任西面都指挥使，攻迎恩门。四路大军从东、南、西、北四个方向对越州城展开强攻。
正当钱镠即将夺取越州时，北面突然传来了坏消息，苏州城被杨行密部将台濛攻破，守将成及被俘。在这场讨伐董昌的战争中，钱镠始终把战争的重心放在越、杭、湖一带。越州是董昌的根据地，而杭州、湖州是杨行密频繁进犯的重点灾区，钱镠将百分之九十的兵力屯集两处，那么作为偏居北方的苏州，兵力的防御自然是捉襟见肘了。
面对台濛对苏州的进攻，钱镠不能说没有准备，即使在兵力方面捉襟见肘，钱镠仍然派出了五虎将之一的成及任苏州刺史，希望通过成及的经验和谋略来抵挡台濛的进攻。四月，台濛在黄天荡大败成及军，并围困苏州城。
五月，双方对峙的局面终于发生了变化，苏州城内的常熟镇使陆郢、巡检郭用等人迫于台濛强大的军事压力，决定选择投靠台濛。陆郢等人把成及绑架，大开城门迎接台濛，苏州城就这样稀里糊涂地失守了。
钱镠觉得，既然苏州已经失守，那么杨行密很可能从苏州南下，直接威胁杭州城，因此必须分兵驻守西陵，防御杨行密的可能来犯。但顾全武却选择了反对：“董昌之根本，在于越州，我们岂能以失一苏州，而放弃对董昌的讨伐，我愿意率兵先攻克越州，再收复苏州，也未晚矣。”钱镠听完顾全武的一番分析后，再次全神贯注于攻克越州城。
五月，钱镠的大军攻克越州外城，但董昌仍然据守子城不肯投降。面对即将到手的越州城，钱镠再度向董昌发出了劝降：奉朝廷诏令，要大王回归临安，并保证大王的安全。事已至此，董昌已无路可走，于是交出牌印，开城投降钱镠。顾全武命令上武勇都监使吴璋押送董昌回临安，但吴璋在押送途中将董昌杀死了。
越州的叛乱平息了，唐朝朝廷及时任命钱镠为新的浙东威胜军节度使。钱镠几次拒绝朝廷的任命，朝廷就任命宰相王溥去当威胜军节度使了。王溥只不过是个文官，对浙东一带人生地不熟，其实根本没有能力去掌管浙东，于是浙东一带的百姓们强烈要求朝廷任命钱镠为浙东威胜军节度使，就连王溥本人也积极推荐钱镠。于是朝廷任命钱镠为浙东威胜军节度使，同时兼任浙西镇海军节度使。