两淮兵，尤其是淮西兵，确实为大秦雄兵，他们看到贼军被团练军几轮枪炮打得神摇魂散之际，不约而同地发起了攻击。
淮西兵以长枪兵闻名，三五成群，结队而行。他们分成上百个小阵，合为一支锋矢大阵，对着贼军右路猛扎了过去。这些淮西兵小队往往是先左右晃刺，牵扰敌手，让其心神皆乱。这时经验老到的老兵一前一后，趁虚而入，一枪不行再来一枪，连绵不绝，总能要了敌手的命，端是老辣狠毒。
遇到扎手或结队的敌手，左右长枪手自会上前，看似左右乱扎，实际上是不动声色间将敌手分割开来，落单的敌手自然由中间的老兵照顾，几枪要了他的命，再转下一个。他们互相配合，极为娴熟，进退有度，攻守有方。不一会就把贼军右路扎得千仓百孔。
团练军的鸳鸯阵的四名长枪手，就是传承这淮西军的枪术。都是由淮西军将世家带到九边，经过上百年历练精简，然后再由刘玄带过来的家将军官们传授下来的。
淮东兵善用雁翎刀，尤其左手圆盾，右手刀，抢进贴近，搏杀于咫尺间。他们在左路，先全军待发，蹲在那里，等后面的弓箭手对着前面的贼军先来上三轮急射，射得对方阵形疏散。淮东刀手们一声暴喝，抢将上去，分成数百小队，各自厮杀，就跟数百把匕首扎进了贼军的身体，扎得他们到处流血。
这个时候，贼首巫多宝、巫宝佛、彭明灯等人都看出来，前军非常危险，一旦最精锐的前军被打崩了，整个大军就会土崩瓦解。唯一之计就是往后退，让出地方来。一来可以避开官军的锋锐；二来把官军进攻队形拉出空隙，以便有机可乘；三是腾出地方来，可以发挥他们人多势众的优势。
但是这时他们又不敢叫全军转进后退，几个贼首都知道，他们部众不是训练有素、纪律严明的官军，一个不慎引发崩溃，二十多万人瞬间能给你跑得干干净净。
于是他们叫心腹将领分批下去，指挥各营各队缓缓后退。幸好贼军人太多了，前军被打得血肉横飞，后面隔得老远，完全看不到，只是听着热闹，心里有些彷徨而已。在上百贼首的调度指挥，先后军各营，再中军各营，缓缓向后退。前军后队也缓缓向后退。官军歇了一会，又开始逼了上来，又是同样的套路，还是打得贼军没有脾气，又陷入此前同样的困境。
不过一个时辰，贼军前军三四万死伤近半，就算他们是最狂热、最癫疯的教众，也要撑不住了。而前军不利的消息也终于传到中军，开始向后军蔓延，各色消息乱飞。贼首们带着执法队，在各营各队巡逻，一口气杀了数百人，终于制住了这股“邪风”。
“贼军退到哪里？”刘玄放下单筒望远镜，头也不回地问道。
“回大人，贼军后军退到了钱江边上了，阵营离江边不过百丈。”李公亮马上答道。
“该结束了。发信号！”
“遵令！”
听到中营传来的悠长雄浑的号声，官军各营各队都听出了，“此战胜败，在此一举！”
团练军最先响应，军官大声吼道：“临兵斗者皆阵列在前！”
众军齐声高喊：“呼！呼！呼！”
军官继续高声大吼道：“侵掠如火！”
“火！火！火！”团练军各营齐声高呼响应道，刚才他们一直压着贼军什么“神兵圣兵”打，打得他们步步后退，也把已方的士气打得万分高涨，对妖教邪祟之术的畏惧也早就烟消云散。听到这总攻令，不由欢呼雀跃，各个奋勇向前，就连后面的辅兵也拔出柳叶刀，跟在大队人马后面，向贼军冲去。
两淮军也接到命令，同时在左右两路不留余力地兵力齐发。刚才在后面一直闲散不动，只是坠在步军后面的两千淮西骑兵开始行动了。他们从兜里掏出一把黄豆，给坐骑喂了一把，然后摘下长枪，拔出马刀。
李纯臣策马走到了最前面，身后跟着数十位帐门披甲。他缓缓拔出马刀，转过头来对身后的骑兵部众大声吼道：“儿郎们！”
“在！”骑兵们大吼应道。
“来世有缘再做兄弟！”
“好咧！”众骑齐声应道，几乎把胸膛都要吼裂了。
“走起！”李纯臣一举马刀，高声道，然后策马启动。
“走起！走起！”骑兵们纷纷应道，挥动着刀枪，策动着坐骑，跟着李纯臣绕过淮西步军军阵，画出一道弧线，向贼军右侧翼直冲过去。
这时，一支火箭飞上了天，在空中炸开，现出一团巨大的火花，五颜六色甚是好看。
这团火花，贼军后军也看到了，就在他们仰着脖子，看着天边，想着不知道还有这么好看的烟花没有，却没有注意到钱江上缓缓驶过来一行船队。都是数丈高的三桅海船，黑黝黝的炮口已经拉了起来。这是两浙水师的主力炮舰，除了十三艘闸船外，只有两艘海鹰船，不过火炮很多。少则二十四门，多则四十六门，最多的是二十四斤短炮，还有部分三十六斤炮。
这十五艘船慢慢地靠近了北岸，贼军们也终于发现它们，转过身来，围着这些一字排开的海船，指指点点。有机灵的贼军连忙向上禀报，只是还没等报到巫多宝等人跟前，何芝贵已经叫人发出了旗语，用独弹，自由射击，可视与敌距离和杀伤效果更换弹种。
等到其余船只回复确定收到的讯息后，何芝贵狠狠地下令道：“开炮！”
两三百门二十四斤以上短炮开火，声势远胜团练军火炮队数十倍，就是远在十几里外的杭州城也被吓住，整个城池在无比巨大的声响中瑟瑟发抖。
火光中，一枚枚灼热发红的铁弹从浓烟中钻了出来，飞向耳朵几乎被震聋的贼军们。一路过去，任何物体，包括血肉，都会被击得粉碎。不少贼军看到身边的同伴突然间头碎了，剩下一具无头尸身站在那里好一会都不倒；又或者中间躯干被打成一团血雾，只留下四肢和脖子头在地上抽搐滚动着；又或者半边肩膀和手瞬间就不见，他却浑然不知，还站在那里对着你傻笑。
种种惨状，比贼众们能够想象的地狱还要惨数倍。他们或者被吓得失声尖叫，或者是屎尿齐流。有的运气好，下一轮炮击他们就中了，不用在这人间炼狱中遭受折磨了。
后军都是老弱病残，他们的斗志和意念比起前军那些狂热分子差之千百倍，只是两轮，反应过来的他们就哭爹喊娘地向前狂奔，只求离开这该死的地方。执法队开始还想着阻拦一二，不想瞬间就被推倒在地，然后无数双脚板从他们身上踩了过去，将他们与地上黑红色的泥土混为一体。
上十万的后军炸了营，后果极其严重，他们形成了一股势不可挡的洪流，横扫着挡在他们前面的一切。已经集结好，正要上去增援前军，并准备趁着官军接连进攻，锋芒已顿的大好时机发起反攻的中军，被后军从后面一冲，也乱了。
他们虽然经历过战事，都是青壮中坚，可毕竟没有接受过正规严格的训练。看到已军从身后乌泱泱地冲了过来，就跟炸了窝的蚂蚁一般，惶惶不可终日，里面甚至还有他们的亲友，也不知该怎么办。部分中军下意识地也跟着跑了起来，一传十，十传百，不一会，中军被后军完全给冲溃了，不到半个时辰，二十多万贼军跑得漫山遍野都是。
何芝贵看到三轮火炮就把贼众后军打崩，便下令停止炮击。这弹子药子很贵的，可不能顺便浪。他接着传令，叫停在后面的其它海船靠岸，三千全副武装的水兵结队上岸，开始对贼军发起夹击。
宋辅臣也带着六千守军冲出了城，与团练军、两淮军和两浙水师水兵一起，追着贼军穷追猛打。大部分贼军沿着富春江蒙着头往严州老巢狂奔，少部分贼军比较机灵，脱离开大队人马，往于潜、余杭一带逃去。
根据刘玄、何芝贵的联合命令，水师船队在富春江上游弋，严防贼军过江。团练军、两淮军沿富春江，追击贼军主力，杭州守军直插余杭、于潜，防止贼军向天目山区逃窜。并传檄各州县，谕晓地方乡绅民勇，擒获贼首可得银若干，贼众又可得银若干。
不过两日，检得贼众首级一万九千颗，其中有神兵、红巾圣兵、持灯兵有一万四千余，还有不少估计是拼都拼不齐了，只好作罢。俘获贼众近二十万。贼首巫多宝、巫宝佛以下三百余贼首被执，更有两百余贼首被斩杀，以首级留档。彭明灯等少数贼首逃遁入严州，仅以身免。
停了三日，等到城外贼踪难觅，刘玄遣人向两浙布政使李秀其禀告，求入城。第三日，李秀其遣署理转运使卫仲凌、杭州通判署理知杭州事桂修文以及宁师道等人为代表，出迎刘玄、何芝贵、李纯臣、宁世衡、胡伯恩、贾政等得胜之师。
而在诸暨县城下，杭州大败的消息传来，贼军顿时炸了窝，潘籍、樊春霆、李续斌、姜忠源领兵出击，追杀了上百里，巫金刚等贼首数百人死于乱军，田七宝少数人遁逃无影。