这次规模空前的瘟疫，给人们心理投下了阴影，对民众信仰与社会心理带来变化。两汉时代以经学政治伦理为主题的社会主题，迅速转向了魏晋时代关注存在意义和生命真伪，进一步导致清谈和玄学的兴起。
另一方面，由于伤寒流行，一些方士便以符水方术为人治病，道教迅速传播，贵族信奉佛教逐步成为潮流。公元183年，张角、张梁、张宝三兄弟趁大疫流行，以妖术教授，立太平道，咒符水以为人疗病，民众神信之。十余年间，徒众数十万。随后，他们发起著名的黄巾起义。
持续多年的大瘟疫，还对三国格局产生影响。建安十三年（公元208年），孙刘联军与曹操战于长江赤壁一带，拥有数十万大军的曹操，败给只有五至六万的孙刘联军。曹操兵败赤壁，最终三分天下，其中一个原因就是曹军发生大疫所致。
曹操兵败北撤后感慨：自顷以来，军数征行，或遇疫气，吏士死亡不归；曹操给孙权书信曰上说：赤壁之役，值有疾病，孤烧船自退，横使周确虚获此名。指出大火是曹操自己放的，同时指出放火烧船原因在于瘟疫疾病无法预防救治。要不然河中的大火怎么会烧到岸上军营？
东晋的自然灾害和战争频发，正是瘟神横行的温床，石勒攻占襄阳之后，也是因为部队瘟疫发作，减员太厉害，最后不得不撤军。所以刘丹对于部队的饮用水，驻扎环境和对于蚊虫的防疫提出了严格的要求。刘丹还为部队准备了口罩、酒精、蚊帐、蚊香等一些医药用品，当然还有“清瘟解毒丸”。井水、河水、溪水等饮用水都要过滤、烧开消毒，粪便都要掩埋，有条件的话最好用石灰消毒。
防止瘟疫的最好办法是预防为主，刘丹写了一本小册子《送瘟神》，把他知道的一些传染病的种类，传播途径和预防隔离措施都写出来，连同《伤寒杂病论》等一些医药书籍全部刊印发行，免费发放，要求两州的所有基层干部群众都要组织学习。同时刘丹要求各乡村和城市要大搞卫生运动，除四害，修建厕所，清理垃圾、沟渠和下水道。特别是地牢监狱等一些关犯人的地方，因为营养太差，卫生条件不好，终日晒不到太阳，容易滋生疾病，尤其要重视。
至于野生动物刘丹就无能为力了，现在很多人还是以打猎为生，特别是蝙蝠，当地人把蝙蝠称为“石燕”，有一些到蝙蝠洞里掏蝙蝠，拿到圩镇上卖，一枚铜钱一个。你说蝙蝠传染病毒，他才不鸟你——我家祖宗三代打猎，也没出什么事。
刘丹准备让襄阳府衙派出工作组到农村检查工作，一方面调查基层组织的运作情况，另一方面也是检查当地的卫生状况。现在最大的问题是医生的缺乏，农村里大都是用一些草药偏方，遇到大病就没有办法了。
刘丹还让人重新规划了襄阳城和樊城的下水道。说到排水系统，就不得不提到江西赣州的福寿沟。赣州三面临水，千年不涝的谜底，一直以来被认为是得益于宋代修建的排水系统——福寿沟。历经近千年，全长12.6公里的福寿沟现在依然护佑着赣州的安宁。因此，当年亲自设计并修建福寿沟的知州刘彝受到群众的拥戴，他的铜像如今坐落在赣州城北的宋城公园。
这座宋代留下的拱形下水道使用是桐油、黄泥、沙石（俗称三合土）和青砖、麻条石等建筑材料修建的，这些砖石在地下也会老化甚至
崩塌，但是只要维修人员换掉坏的那几块，一疏通就好了，这就是为什么900年的福寿沟能够沿用至今的原因。
显微镜的发明也把农业技术推广到细胞的层次，刘丹把自己知道的中学生物课本知识发给农科所，让他们研究囷种、杂交水稻、大白菜等一些品种。杂交水稻刘丹也不清楚是如何培育的，只是看网络小说知道是通过和海南岛的
野稗杂交培养出来的。能不能搞出来刘丹也不指望，全碰运气。
法常和他的师兄们对于刘丹提出的《百丈清规》完全接受，准备在岘山建造大型的佛家寺院和佛学院，将襄国的一部分僧人转移到襄阳来。修建寺庙的费用刘家和习*家等襄阳豪族分担一部分，大部分还是法常他们自己承当，在后赵佛教是国教，他们手里有的是钱。刘丹不可能把佛教立为国教，还是道释儒三教分立比较好，而且要以儒教为主，因为儒家是经国济世的，管理国家还得儒生。
佛道两家的辩论经过很快编印成书，叫《襄阳辨伪录》，刘丹弄了一篇序文：
“夫三圣人教列于中国。犹鼎足而峙以扶皇化。夫子之言仁义者。轨于不道之士也。老子之守谦退者。息于躁竟之徒也。释氏之谈性命者。欲令返本归源也。仁义行则人人蹈於君子之径矣。谦退行则人人杜于贪吝之求矣。性命明则人人达于妙道之源矣。不如是者何为达士君子乎？
为学有三要：所谓不知春秋，不能涉世；不精老庄，不能忘世；不参禅，不能出世。此三者，经世出世之学备矣。缺则一偏，缺二则隘，三者无一，而称人者，则肖之而已。虽然，不可以不知要。要者，宗也。故曰：言有宗，事有君。言而无宗，则蔓衍无统；事而无君，则支离日纷；学而无要，则涣散寡成。是故学者，断不可以不务要矣。
然是三者之要在一心。务心之要在参禅，参禅之要在忘世，忘世之要在适时，适时之要在达变，达变之要在见理，见理之要在定志，定志之要在安分，安分之要在寡欲，寡欲之要在自知，自知之要在重生，重生之要在务内，务内之要在专一，一得而天下之理得矣。称理而涉世，则无不忘也，无不有也；不忘不有，则物无不忘，物无不有；物无不忘，物无不有，则无入而不自得矣。故曰：天地与我并生，万物与我为一。会万物而为己者，其惟圣人乎？噫，至矣尽矣！妙极于一心，而无遗事矣！是故学者，固不可以不知要。
天师道士专尚夸诞。以谲诡不经為奇异。以诳妄不真为妙门。弃二篇之醇浓。杂三张之秽术。害王风以颠狂为至德。不识道之渊源。而有五逆、六极之罪。禁经上价，是其一逆：安称真道，是其二逆；合气释罪，是其三逆；挟道作乱，是其四逆：章书伐德，是其五逆。
畏鬼带伏妖法之极第一：制民课输、欺巧之极第二，解厨墓门不仁之极第三；度厄苦生虚妄之极第四，梦中作罪顽痴之极第五，轻作寒暑凶佞之极第六……”
这本书一出版，引起社会极大的震动，桓宣发布政令，宣布取缔天师道，查抄天师道观，准备已久的独立师官兵奔赴各个道观，开始抄没道观的财产。这时大家才发现，原来道观内储存着大量的粮食和钱财，有的甚至藏有兵器和女人，真不愧为“米贼”。刘丹也是喜出望外，没想到发了一笔横财，现在襄阳各地的基建工程大规模铺开，粮食消耗非常大，特
别是王敦把荆州的仓库都搬空了，荆州人民嗷嗷待哺，这些粮食搜刮出来正好可以填补这个大窟窿。
襄阳政府的措施引起了道士和教民的反抗，有一些是整个家族的人都起来造反，最后被独立师血腥镇压下去了。作乱的道士和宗族全部贬为罪民，迁徙到矿山挖矿或者修路，家产全部没收充公。
其中梁州的魏兴郡和上庸郡天师教的教民最多，大宗族绝大多数是天师道世家，他们在天师道中往往占据治头、祭酒的领导岗位，除了田地的收成之外，教民还需要给他们缴纳一份天师道的钱粮供奉，可以说是富得流油。实行襄阳新政，他们本身就心怀不满，这次取缔天师道，他们再也忍不住了，纷纷起来造反，杀害乡村干部，破坏乡村组织。
刘丹也知道两郡是天师道的重灾区，派遣法明和特战队协助刘勇对天师道的清剿。天师道民刚起事被独立师第一团迅速扑灭，少数顽固分子逃入深山妄图负隅顽抗，最后被特战队一一歼灭。在此战役中，第一团缴获了大量的武器和粮食，还有军用*弩*床和弩砲，看这架势他们早就准备造反了。现在两郡的社会体系全部崩溃了，刘丹干脆在两地搞起了打土豪分田地的运动，把那些家族的土地和财产全部分配给农民，把这些大家族连根拔起，同时也平息了下层教民的怨气。参与叛乱的各大家族500余户全部迁出两郡，分散到南阳和襄阳各地农场和垦殖场，为首者全部到矿山劳动改造，因为人数太多，刘丹还专门建了一个劳改农场。
天师道就像一颗毒瘤，刘丹禁止天师道的行为，把这颗毒瘤挑破了，让这些坏死的脓血挤了出去。只是让刘丹没想到的是自己的行为完全激怒了成汉国的天师道徒，他们纷纷起来要求成汉的皇帝李雄出兵进攻襄阳，除魔卫道，把刘家全部剿灭。
刘家宣布取缔天师道也引起了建康一些天师道世家的不满，如琅琊王氏、孙氏，陈郡谢氏、殷氏，高平郗氏，会稽孔氏等等一些世家大臣纷纷向朝廷上表，要求免除刘岩的梁州和荆州的梁州刺史，同时勒令襄阳太守桓宣取消禁止天师道的政令。鉴于事情的起因是佛道之争，请求朝廷禁止佛教的传播，烧毁佛经，取缔寺院，勒令僧人还俗。
天师道徒对江南佛教的反扑让一些佛教信徒不满，也纷纷上书要求维护佛教的道统，他们拿出来的证据就是《襄阳辨伪录》和《百丈清规》，如果按照《百丈清规》来管理寺院和僧人，对于整个社会根本不会产生危害，还有利于社会的安定，毕竟相信因果，敬畏报应能让百姓不敢造恶。
于是乎江东也兴起了佛道之争。
明帝司马绍没想到刘岩没一刻消停，又折腾出这么大的一件事情。襄阳快讯刊登了佛道论辩的经过，同时列举天师道的十几宗大罪，其中挟道作乱，制民课输是说到点子上了，这天师道对于朝廷来说就是一颗毒瘤。黄巾军张角就是以天道的名义造反，“不以民贱之轻，欲图帝贵之重；作云响于幽窦，发妄想于空玄。破国坏民。岂非凶逆？”
在梁州和荆州查出天师道观藏匿粮食，兵器，不是意图造反是什么？只是天师道根深蒂固，哪有这么容易清除？明帝也为刘岩敢于直接对天师道动刀子赞叹不已，自己不是不想，而是不能啊！刘家有一支自己训练的绝对忠诚的新军，而自己呢？
看来没有一支忠于自己的军队还是不行啊！